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4 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'phylogénie moléculaire' 
trié(s) par (Pertinence décroissant(e), Titre croissant(e)) Affiner la recherche Générer le flux rss de la rechercheL'utilisation des herbiers en phylogénie moléculaire / Valéry Malécot
Titre : L'utilisation des herbiers en phylogénie moléculaire Type de document : Livre Auteurs : Valéry Malécot, Auteur ; Jean-Yves Dubuisson, Auteur Importance : pp. 53-65 Langues : Français Catégories : [Thèmes] Herbier Mots-clés : phylogénie moléculaire Résumé : "Le développement des méthodes de reconstruction phylogénétique au cours des trente dernières années a eu une influence particulièrement forte sur la systématique végétale. En outre, si à l'origine les phylogénies ne reposaient que sur des caractères morphologiques, depuis une quinzaine d'années elles tirent de plus en plus profit de données moléculaires, majoritairement de séquences nucléotidiques. Dans ce cadre, les herbiers présentent deux intérêts principaux, la conservation d'échantillons de référence et l'utilisation des spécimens pour réaliser des extractions d'ADN, en particulier pour les taxons rares ou éteints. Ces deux cas seront abordés successivement. Si le premier ne diffère pas de l'utilisation habituelle des herbiers comme lieu de conservation et de connaissance de la flore, le second fait appel aux techniques modernes de biologie moléculaire." (source : auteurs) Type de publication : article de livre Référence biblio : Malécot V., Dubuisson J.-Y., 2004 - L'utilisation des herbiers en phylogénie moléculaire. In : Pierrel R. & Reduron J.-P. (coord.), 2004 - Les herbiers : un outil d'avenir. Tradition et modernité (actes du colloque de Lyon, 20-22 novembre 2002). Nancy : AFCEV, 53-65. ID PMB : 6789 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=6789 Exemplaires
Cote Localisation Disponibilité aucun exemplaire On the placement of Coleanthus subtilis and the subtribe Coleanthinae within Poaceae by new molecular phylogenetic data / Alexander A. Gnutikov in Phytotaxa, vol. 468, n°3 (Année 2020)
Titre : On the placement of Coleanthus subtilis and the subtribe Coleanthinae within Poaceae by new molecular phylogenetic data Type de document : Livre Auteurs : Alexander A. Gnutikov, Auteur ; Nikolai N. Nosov, Auteur ; Elizaveta O. Punina, Auteur ; Nina S. Probatova, Auteur ; Alexander V. Rodionov, Auteur Année de publication : 2020 Article en page(s) : pp. 243-274 Langues : Anglais Catégories : [Espèces (in biblio)] Coleanthus subtilis Mots-clés : hybridation ITS phylogénie moléculaire trnL–trnF Résumé : "Phylogenetic position of the unique grass genus Coleanthus within the tribe Poeae s. str. is discussed based on molecular phylogenetic analysis of the marker sequences, ITS and trnL-trnF. Moreover, taxa more or less related to Coleanthus were involved in our study for the maximal accuracy of the molecular phylogenetic analysis. Subtribe Coleanthinae (=Puccinelliinae) is monophyletic according to both datasets, nuclear and chloroplast genes, that probably shows certain evolutionary distance from other Poeae s. str. We confirmed the results of previous morphological studies that placed Coleanthus close to the genus Phippsia but at the same time we have not found any evidences of the affinity between the genus Phippsia and the second putative ancestor, Deschampsia. The clade which contains Coleanthus and Phippsia occupies the sister position to all other genera of the subtribe Coleanthinae. The genus Phippsia produces hybrids with Puccinellia, ×Pucciphippsia, but the relationship obtained by our data is far more distant that was considered before from its morphological features. The genus Puccinellia forms a single monophyletic clade-sister to the genus Sclerochloa and former Colpodium s. l. (Paracolpodium, Catabrosella) which are monophyletic with Catabrosa. In partial contradiction to previous research (Soreng et al. 2015)-we found that the subtribe Coleanthinae is rather distant from two-chromosome grasses in ITS analysis though chloroplast genes show the sister position of the species from the 2-chromosome grasses group, Colpodium versicolor (2n = 4), to Coleanthinae. Also we detected multiple reticulation events in the tribe Poeae s. str. and some of them-within the subtribe Coleanthinae. This can explain an uncertain position of the two-chromosome grasses in relation to Coleanthinae." (source : auteurs) Type de publication : périodique Référence biblio : Gnutikov A.-A., Nosov N.-N., Punina E.-O., Probatova N.-S., Rodionov A.-V., 2020 - On the placement of Coleanthus subtilis and the subtribe Coleanthinae within Poaceae by new molecular phylogenetic data. Phytotaxa, 468 (3) : 243-274. ID PMB : 71772 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=71772
in Phytotaxa > vol. 468, n°3 (Année 2020) . - pp. 243-274[article]Exemplaires
Cote Localisation Disponibilité aucun exemplaire
Titre : Subspecies Variation of Daucus carota Coastal (“Gummifer”) Morphotypes (Apiaceae) Using Genotyping-by-Sequencing Type de document : Livre Auteurs : Fernando Martínez-Flores, Auteur ; Manuel B. Crespo, Auteur ; Philipp W. Simon, Auteur ; Holly Ruess, Auteur ; Kathleen Reitsma, Auteur ; Emmanuel Geoffriau, Auteur ; Charlotte Allender, Auteur ; Najla Mezghani, Auteur ; David M. Spooner, Auteur Année de publication : 2020 Article en page(s) : pp. 688-702 Langues : Anglais Catégories : [Espèces (in biblio)] Daucus carota
[Thèmes] TaxonomieMots-clés : phylogénie moléculaire Résumé : "he genus Daucus is widely distributed worldwide, but with a concentration of diversity in the Mediterranean Region. The D. carota complex presents the greatest taxonomic problems in the genus. We focus on a distinctive phenotypic group of coastal morphotypes of D. carota, strictly confined to the margins to within about 0.5 km of the Mediterranean Sea and the Atlantic Ocean, which we here refer to as coastal morphotypes or D. carota subsp. “gummifer” complex. They are loosely morphologically coherent, sharing a relatively short stature, thick, broad, sometimes highly glossy leaf segments, and usually flat or convex fruiting umbels. We analyzed 288 accessions obtained from genebanks in England, France, and the USA, and an expedition to Spain in 2016, covering the Mediterranean and Atlantic coasts and Balearic Islands, where much of the gummifer complex variation occurs. Our study includes 112 accessions not examined before in this context. Genotyping-by-sequencing identified 29,041 filtered SNPs. Based on high bootstrap support from maximum likelihood and Structure analysis we highlight three main clades. The gummifer morphotypes are intercalated with members of Daucus carota subspecies carota and subspecies maximus in two of these main clades, including a clade containing accessions from Tunisia (also including D. carota subsp. capillifolius) and a clade containing accessions from western Europe (including the British Isles), southern Europe (including the Balearic Islands and the Iberian Peninsula) and Morocco. These results support five independent selections of the gummifer morphotypes in these restricted maritime environments in the Mediterranean and nearby Atlantic coasts. Daucus annuus (=Tornabenea annua) and Daucus tenuissimus (=Tornabenea tenuissima) also fall firmly within D. carota, supporting their classification as morphologically well-defined subspecies of D. carota, which are accepted here under the new combinations Daucus carota subsp. annuus and D. carota subsp. tenuissimus, respectively. Types are indicated for most of treated names, including designation of four lectotypes and three epitypes, which fix their further use." (source : auteurs) Type de publication : périodique Référence biblio : Martínez-Flores F., Crespo M., Simon P., Ruess H., Reitsma K., Geoffriau E., Allender C., Mezghani N., Spooner D., 2020 - Subspecies Variation of Daucus carota Coastal (“Gummifer”) Morphotypes (Apiaceae) Using Genotyping-by-Sequencing. Systematic Botany, 45 (3) : 688-702. ID PMB : 71449 DOI : 10.1600/036364420X15935294613527 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=71449
in Systematic Botany > vol. 45, n°3 (Année 2020) . - pp. 688-702[article]Exemplaires
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Titre : The evolutionary history of Mimosa (Leguminosae) : toward a phylogeny of the sensitive plants Type de document : Livre Auteurs : Michel Simon, Auteur ; Rosaura Grether, Auteur ; Luiciano de Queiroz, Auteur ; Tiina Särkinen, Auteur ; Valquíria Dutra, Auteur ; Colin Hughes, Auteur Année de publication : 2011 Article en page(s) : pp. 1201-1221 Langues : Anglais Mots-clés : biogéographie character evolution dating analysis Mimosoideae phylogenie moléculaire trnD?trnT infrageneric classification Résumé : "Although based on a single plastid region, our results establish a preliminary phylogenetic framework for Mimosa that can be used to infer patterns of morphological evolution and relationships and which provides pointers toward a revised infrageneric classification." Type de publication : périodique Référence biblio : Simon M., Grether R., de Queiroz L., Särkinen T., Dutra V., Hughes C., 2011 - The evolutionary history of Mimosa (Leguminosae) : toward a phylogeny of the sensitive plants. American journal of botany, 98 (7) : 1201-1221. Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=65936
in American journal of botany > vol. 98, n°7 (Année 2011) . - pp. 1201-1221[article]Exemplaires
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