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De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum / Joshua Der in BMC genomics, vol. 12 (Année 2011)  

Public [article]  inBMC genomics > vol. 12 (Année 2011) . - 99 Titre : De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum Auteurs : Joshua Der, Auteur ; Michael Barker, Auteur ; Norman Wickett, Auteur ; Claude dePamphilis, Auteur ; Paul Wolf, Auteur Article en page(s) : 99 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Pteridium aquilinum Mots-clés : Fougère aigle  Transcriptome  gamétophyte  génomique comparative  séquençage à haut débit Résumé : "Contexte En raison de leur position phylogénétique et des particularités de leur biologie et de leur cycle de vie, les fougères constituent une lignée clé pour l’étude de l’évolution des plantes terrestres. La grande taille et la complexité de leurs génomes, combinées à l’absence d’espèces à intérêt économique direct, ont longtemps freiné le développement de ressources génomiques. Cependant, les technologies de séquençage à haut débit sont désormais largement appliquées à des espèces non modèles. Dans cette étude, la plateforme de pyroséquençage Roche 454 GS-FLX Titanium a été utilisée pour séquencer le transcriptome du gamétophyte de la fougère aigle (Pteridium aquilinum), afin de produire des ressources génomiques utiles aux recherches évolutives. Résultats Volume de données : 681 722 lectures de haute qualité, nettoyées des adaptateurs, représentant un total de 254 Mbp. Assemblage : Réalisé de novo, il a permis d’obtenir 56 256 séquences uniques (unigenes), d’une longueur moyenne de 547,2 pb, pour une taille totale d’assemblage de 30,8 Mbp, avec une couverture moyenne de 7,0×. Couverture du transcriptome estimée : Environ 87 %, avec annotation de l’ensemble des transcrits. Alignement et annotation : 61,8 % des unigenes ont des correspondances blastx dans la base de données protéique NCBI nr, représentant 22 596 meilleurs alignements uniques. 52,2 % possèdent des cadres de lecture ouverts (ORF) comportant des domaines fonctionnels détectés via InterProScan. 46,2 % des unigenes ont reçu une annotation fonctionnelle via les termes Gene Ontology (GO). 16,0 % ont été associés à des codes enzymatiques, utilisés pour visualiser des voies métaboliques à l’aide des cartes KEGG. Génomique comparative : Un grand nombre de gènes exprimés chez le gamétophyte de Pteridium sont partagés avec les génomes d’Arabidopsis, Selaginella et Physcomitrella. De nombreux gènes potentiellement spécifiques aux fougères ont également été identifiés. En comparant les gènes Arabidopsis issus du blast avec une liste issue de la littérature de gènes spécifiquement exprimés chez le gamétophyte, un ensemble de gènes potentiellement conservés à ce stade du cycle de vie a été mis en évidence. Microsatellites et éléments transposables : - 548 loci de microsatellites (SSR) potentiellement amplifiables ont été identifiés. - 689 éléments transposables exprimés ont également été repérés. Conclusions Il s’agit de la première analyse transcriptomique complète menée chez une fougère. Cette étude constitue une ressource scientifique majeure pour la génomique fonctionnelle et évolutive comparée des plantes terrestres. Elle démontre l’intérêt du séquençage à haut débit d’une bibliothèque d’ADNc normalisée pour la caractérisation de novo d’un transcriptome et la découverte de gènes chez une plante non modèle." (source : auteurs) Type de publication : périodique Référence biblio : Der J., Barker M., Wickett N., dePamphilis C., Wolf P., 2011 - De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum. BMC genomics, 12 : 99. ID PMB : 72998 En ligne : https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-12-99 Format de la ressource électronique : document Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72998 [article]

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