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Partager le résultat de cette rechercheDe novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum / Joshua Der in BMC genomics, vol. 12 (Année 2011)
Titre : De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum Auteurs : Joshua Der, Auteur ; Michael Barker, Auteur ; Norman Wickett, Auteur ; Claude dePamphilis, Auteur ; Paul Wolf, Auteur Article en page(s) : 99 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Pteridium aquilinum Mots-clés : Fougère aigle Transcriptome gamétophyte génomique comparative séquençage à haut débit Résumé : "Contexte
En raison de leur position phylogénétique et des particularités de leur biologie et de leur cycle de vie, les fougères constituent une lignée clé pour l’étude de l’évolution des plantes terrestres. La grande taille et la complexité de leurs génomes, combinées à l’absence d’espèces à intérêt économique direct, ont longtemps freiné le développement de ressources génomiques. Cependant, les technologies de séquençage à haut débit sont désormais largement appliquées à des espèces non modèles. Dans cette étude, la plateforme de pyroséquençage Roche 454 GS-FLX Titanium a été utilisée pour séquencer le transcriptome du gamétophyte de la fougère aigle (Pteridium aquilinum), afin de produire des ressources génomiques utiles aux recherches évolutives.
Résultats
Volume de données : 681 722 lectures de haute qualité, nettoyées des adaptateurs, représentant un total de 254 Mbp.
Assemblage : Réalisé de novo, il a permis d’obtenir 56 256 séquences uniques (unigenes), d’une longueur moyenne de 547,2 pb, pour une taille totale d’assemblage de 30,8 Mbp, avec une couverture moyenne de 7,0×.
Couverture du transcriptome estimée : Environ 87 %, avec annotation de l’ensemble des transcrits.
Alignement et annotation :
61,8 % des unigenes ont des correspondances blastx dans la base de données protéique NCBI nr, représentant 22 596 meilleurs alignements uniques.
52,2 % possèdent des cadres de lecture ouverts (ORF) comportant des domaines fonctionnels détectés via InterProScan.
46,2 % des unigenes ont reçu une annotation fonctionnelle via les termes Gene Ontology (GO).
16,0 % ont été associés à des codes enzymatiques, utilisés pour visualiser des voies métaboliques à l’aide des cartes KEGG.
Génomique comparative :
Un grand nombre de gènes exprimés chez le gamétophyte de Pteridium sont partagés avec les génomes d’Arabidopsis, Selaginella et Physcomitrella.
De nombreux gènes potentiellement spécifiques aux fougères ont également été identifiés.
En comparant les gènes Arabidopsis issus du blast avec une liste issue de la littérature de gènes spécifiquement exprimés chez le gamétophyte, un ensemble de gènes potentiellement conservés à ce stade du cycle de vie a été mis en évidence.
Microsatellites et éléments transposables :
- 548 loci de microsatellites (SSR) potentiellement amplifiables ont été identifiés.
- 689 éléments transposables exprimés ont également été repérés.
Conclusions
Il s’agit de la première analyse transcriptomique complète menée chez une fougère. Cette étude constitue une ressource scientifique majeure pour la génomique fonctionnelle et évolutive comparée des plantes terrestres. Elle démontre l’intérêt du séquençage à haut débit d’une bibliothèque d’ADNc normalisée pour la caractérisation de novo d’un transcriptome et la découverte de gènes chez une plante non modèle." (source : auteurs)Type de publication : périodique Référence biblio : Der J., Barker M., Wickett N., dePamphilis C., Wolf P., 2011 - De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum. BMC genomics, 12 : 99. ID PMB : 72998 En ligne : https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-12-99 Format de la ressource électronique : document Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72998
in BMC genomics > vol. 12 (Année 2011) . - 99[article]Exemplaires(0)
Disponibilité aucun exemplaire Mycorrhiza-like interaction between the achlorophyllous gametophyte of Lycopodium clavatum L. and its fungal endophyte studied by light and electron microscopy / E. Schmid in New phytologist, vol. 124, n°1 (Année 1993)
Titre : Mycorrhiza-like interaction between the achlorophyllous gametophyte of Lycopodium clavatum L. and its fungal endophyte studied by light and electron microscopy Type de document : texte imprimé Auteurs : E. Schmid, Auteur ; F. Oberwinkler, Auteur Année de publication : 1993 Article en page(s) : pp. 69-81 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Lycopodium clavatum L. Mots-clés : gamétophyte mycorhize ultrastructure spindle-pole body Résumé : "The mycorrhiza-like association of mature gametophytes of Lycopodium clavatum and an endophytic fungus was studied by means of light and electron microscopy. Fine aseptate hyphae of the fungus formed very regular dense hyphal coils and numerous small vesicles of different stages in the cortical cells. Extended infections occurred within preformed spaces between the cells of the storage tissue. These spaces probably arose by degeneration of the host cells. Several hyphae grew within them and were partly swollen or irregularly lobed and branched. They were embedded in a heterogeneous material, probably of host origin. Arbuscles were not established during the interaction. All fungal structures degenerated in the older host tissues that remained intact. The fungus contained bacterium-like organelles. Elliptic interphase spindle-pole bodies of the fungus were attached to the outer nuclear envelope. The host-fungus interaction in the gametophyte of L. clavatum cannot be related to any type of mycorrhizal association described to date. It is therefore called the ‘Lycopodioid mycothallus interaction’." (source : auteurs) Type de publication : périodique Référence biblio : Schmid E., Oberwinkler F., 1993 - Mycorrhiza-like interaction between the achlorophyllous gametophyte of Lycopodium clavatum L. and its fungal endophyte studied by light and electron microscopy. New phytologist, 124 (1) : 69-81. ID PMB : 58051 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=58051
in New phytologist > vol. 124, n°1 (Année 1993) . - pp. 69-81[article]Exemplaires(0)
Disponibilité aucun exemplaire 
Titre : Trichomanes speciosum Willd. (Hymenophyllaceae, Pteridophyta) dans le Massif armoricain Type de document : texte imprimé Auteurs : Sandrine Loriot, Auteur ; Julien Geslin, Auteur Année de publication : 2005 Article en page(s) : pp. 3-22 Langues : Français (fre) Catégories : [ZG] BASSE-NORMANDIE (25)
[ZG] BRETAGNE (53)
[ZG] PAYS-DE-LA-LOIRE (52)
[Espèces (in biblio)] Trichomanes speciosum Willd.Mots-clés : ptéridophyte sporophyte gamétophyte distribution abondance (écologie) écologie conservation Résumé : "Afin d'établir un plan de conservation pour la fougère rare et menacée Trichomanes speciosum Willd. dans le Massif armoricain, le Conservatoire botanique national de Brest a mené un travail de terrain pour mettre à jour et améliorer les connaissances sur la répartition, l'abondance et l'écologie, à la fois du sporophyte et du gamétophyte de cette espèce." (source : auteur) Type de publication : périodique Référence biblio : Loriot S., Geslin J., 2005 - Trichomanes speciosum Willd. (Hymenophyllaceae, Pteridophyta) dans le Massif armoricain. E.R.I.C.A., 19 : 3-22. ID PMB : 21797 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=21797
in E.R.I.C.A. > n°19 (Année 2005) . - pp. 3-22[article]Exemplaires(3)
Cote Localisation Disponibilité P0203-1 Brest Exclu du prêt P0203-1 Caen Exclu du prêt P0203-1 Nantes Exclu du prêt Documents numériques
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Titre : Phylogenetic Relationships among Sphagnum Sections : Hemitheca, Isocladus, and Subsecunda Type de document : texte imprimé Auteurs : Jonathan Shaw, Auteur ; C. Cox, Auteur ; Sandra Boles, Auteur Année de publication : 2004 Article en page(s) : pp. 189-196 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Plant cells Taxa Phylogenetics Phylogeny population génétique Hyalin Branches Genetic loci Solar fibrils gamétophyte Résumé : "Sphagnum macrophyllum, S. pylaesii, and S. cyclophyllum are morphologically atypical in the genus Sphagnum and their systematic placement has been a source of controversy. The first is generally classified in the mono-specific section Isocladus, and the second as section Hemitheca. Sphagnum cyclophyllum is classified in the section Subsecunda, but several authors have hypothesized a close relationship between all three species. Nucleotide sequences from eight nuclear and chloroplast loci were obtained to test hypotheses about relationships among these taxa. Phylogenetic analyses resolve these species (along with S. microcarpum, closely related to S. cyclophyllum) in a well-supported monophyletic group within the section Subsecunda. Sphagnum macrophyllum is sister to S. cyclophyllum, S. microcarpum, and S. pylaesii. Sphagnum cyclophyllum and S. microcarpum form a clade that is sister to S. pylaesii. Two mutually monophyletic groups of populations are resolved within S. pylaesii, one including the European populations and the other including populations from eastern North America and South America. The European populations are almost identical at the nucleotide sequence level whereas the American populations are genetically diverse. Short, delicate pseudopodia; exceptionally large opercula; and an absence or near absence of pseudostomata appear to be synapomorphies for the clade containing S. macrophyllum, S. microcarpum, S. cyclophyllum, and S. pylaesii." Type de publication : périodique Référence biblio : Shaw J., Cox C., Boles S., 2004 - Phylogenetic Relationships among Sphagnum Sections : Hemitheca, Isocladus, and Subsecunda. The Bryologist, 107 (2) : 189-196. Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=66079
in The Bryologist > vol. 107, n°2 (Eté 2004) . - pp. 189-196[article]Exemplaires(0)
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