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Les activités du Conservatoire sont structurées en quatre grandes actions :

L'équipe du Conservatoire botanique bénéficie de l'accompagnement et des orientations du Conseil scientifique et suivent les décisions du Comité syndical.

Deux entités participent aussi étroitement aux activités du Conservatoire :

Le budget annuel du Conservatoire est d’environ 2 200 000 €.
Il provient de 80 partenariats financiers différents.