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Phylogeography of the common ivy (Hedera sp.) in Europe : Genetic differentiation through space and time / Delphine Grivet in Molecular Ecology, vol. 11, n°8 (Année 2002)

Public [article]  inMolecular Ecology > vol. 11, n°8 (Année 2002) . - pp. 1351-62 Titre : Phylogeography of the common ivy (Hedera sp.) in Europe : Genetic differentiation through space and time Auteurs : Delphine Grivet, Auteur ; Remy Petit, Auteur Article en page(s) : pp. 1351-62 Note générale : "We studied the phylogeography of ivy (Hedera sp.), a liana widespread in Europe, throughout its natural range. The populations sampled belong to four closely related species differing by ploidy levels and morphological characters. Chloroplast (cp) markers were used and 13 haplotypes were detected, usually shared across species, contrary to ribosomal internal transcribed spacer (ITS) variants. We demonstrated the existence of a strong overall cpDNA phylogeographical structure. Several methods of data analysis were conducted to describe how this structure and the genetic diversity change through space and time. Southern populations, especially those from Spain, are the most divergent. Pairwise estimates of differentiation point to isolation by distance, and the existence of a latitudinal gradient of divergence was demonstrated using a regression procedure. Similarly, latitudinal differences in haplotype richness and diversity exist, as shown by population permutations ('differentiation through space'). Finally, we measured differentiation by taking into account successive levels of divergence between haplotypes ('differentiation through time'). Genetic differentiation turns out to be much greater when differences between closely related haplotypes are not considered. Further, these results indicate that the phylogeographical structure is essentially due to the relative distribution of the most similar haplotypes. Diversity decreases from south to north, whereas haplotype frequencies change longitudinally. It appears that Hedera survived in Spanish and Balkan refugia during the last ice age. A third refugium must have been present in the Alps or in Italy. During the northward expansion, the decrease in overall diversity was attenuated by some mixing of lineages at intermediate latitudes, resulting in comparatively higher levels of differentiation in the south." (source : auteurs) Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Hedera [ZG] Europe Mots-clés : phylogéographie  aire de répartition Résumé : "Nous avons étudié la phylogéographie du lierre (Hedera sp.), une liane répandue en Europe, dans toute son aire de répartition naturelle. Les populations échantillonnées appartiennent à quatre espèces étroitement apparentées différant par leurs niveaux de ploïdie et leurs caractères morphologiques. Des marqueurs chloroplastiques (cp) ont été utilisés et 13 haplotypes ont été détectés, généralement partagés entre les espèces, contrairement aux variantes de l'espaceur interne transcrit ribosomal (ITS). Nous avons démontré l'existence d'une forte structure phylogéographique globale de l'ADNcp. Plusieurs méthodes d'analyse des données ont été menées pour décrire comment cette structure et la diversité génétique évoluent dans l'espace et le temps. Les populations du sud, en particulier celles d'Espagne, sont les plus divergentes. Les estimations par paires de la différenciation indiquent un isolement par la distance, et l'existence d'un gradient latitudinal de divergence a été démontrée à l'aide d'une procédure de régression. De même, des différences latitudinales dans la richesse et la diversité des haplotypes existent, comme le montrent les permutations de population (« différenciation dans l'espace »). Enfin, nous avons mesuré la différenciation en prenant en compte les niveaux successifs de divergence entre haplotypes (différenciation dans le temps). La différenciation génétique s'avère bien plus importante lorsque les différences entre haplotypes étroitement apparentés ne sont pas prises en compte. De plus, ces résultats indiquent que la structure phylogéographique est essentiellement due à la distribution relative des haplotypes les plus similaires. La diversité décroît du sud au nord, alors que les fréquences des haplotypes changent longitudinalement. Il semble que Hedera ait survécu dans les refuges espagnols et balkaniques au cours de la dernière période glaciaire. Un troisième refuge devait être présent dans les Alpes ou en Italie. Au cours de l'expansion vers le nord, la diminution de la diversité globale a été atténuée par un certain mélange de lignées aux latitudes intermédiaires, ce qui a entraîné des niveaux de différenciation comparativement plus élevés dans le sud." (source : auteurs) Type de publication : périodique Référence biblio : Grivet D., Petit R., 2002 - Phylogeography of the common ivy (Hedera sp.) in Europe : Genetic differentiation through space and time. Molecular Ecology, 11 (8) : 1351-62. ID PMB : 72677 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72677 [article]

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Evolution, phylogeography, and taxonomy within the Viola alba complex (Violaceae) / Thomas Marcussen in Plant Systematics and Evolution, vol. 237 (Année 2003)

Public [article]  inPlant Systematics and Evolution > vol. 237 (Année 2003) . - pp. 51-74 Titre : Evolution, phylogeography, and taxonomy within the Viola alba complex (Violaceae) Type de document : texte imprimé Auteurs : Thomas Marcussen, Auteur Année de publication : 2003 Article en page(s) : pp. 51-74 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Viola alba [Thèmes] Taxonomie Mots-clés : morphométrie  allozyme  phylogeographie  évolution Résumé : " Taxa of the Viola alba complex were investigated using allozymes and morphometry. A taxonomic revision is presented. A wide delimitation of V. alba with only three morphological and geographical subspecies is suggested: (1) ssp. dehnhardtii distributed in the Mediterranean eastwards to Turkey; (2) ssp. alba flanking ssp. dehnhardtii in the north and east; and (3) ssp. cretica endemic to Crete. Ssp. cretica, up to now treated as a separate species, is particularly close to ssp. dehnhardtii. Viola cadevallii (NW Mediterranean) is included in the synonymy of ssp. dehnhardtii. Ssp. scotophylla (S Europe), ssp. thessala (Balkan), V. armena (Turkey), and V. besseri (Caucasus) are reduced to synonyms of V. alba ssp. alba. Viola pentelica (Greece) might represent transitional forms between ssp. alba and ssp. dehnhardtii. Glacial refugia for ssp. alba are suggested from the eastern Mediterranean via Turkey to the Caucasus, for ssp. dehnhardtii in the Mediterranean area in general, and for ssp. cretica in Crete. A key to the subspecies is provided. Taxonomic recombination: Viola alba Bess. ssp. cretica (Boiss. & Heldr.) Marcussen, comb. nov." (source : auteur) Type de publication : périodique Référence biblio : Marcussen T., 2003 - Evolution, phylogeography, and taxonomy within the Viola alba complex (Violaceae). Plant Systematics and Evolution, 237 : 51-74. ID PMB : 69162 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=69162 [article]

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Fine-scale phylogeographical analysis of Mediterranean Anacamptis palustris (Orchidaceae) populations based on chloroplast minisatellite and microsatellite variation / Salvatore Cozzolino in Molecular Ecology, vol. 12, n°10 (Année 2003)

Public [article]  inMolecular Ecology > vol. 12, n°10 (Année 2003) . - pp. 2783-92 Titre : Fine-scale phylogeographical analysis of Mediterranean Anacamptis palustris (Orchidaceae) populations based on chloroplast minisatellite and microsatellite variation Auteurs : Salvatore Cozzolino, Auteur ; D. Cafasso, Auteur ; G. Pellegrino, Auteur ; Aldo Musacchio, Auteur ; Alex Widmer, Auteur Année de publication : 2003 Article en page(s) : pp. 2783-92 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Orchis palustris Mots-clés : diversité génétique  microsatellite  minisatellite  phylogéographie Note de contenu : Cet article porte sur l'histoire phylogéographique de l'orchidée rare Anacamptis palustris (famille des Orchidaceae). Pour reconstruire cette histoire, des loci minisatellites et microsatellites chloroplastiques hautement polymorphes ont été utilisés. L'étude a permis de clarifier la distribution historique et la diversité génétique de Anacamptis palustris à travers l'Europe méditerranéenne, en révélant des lignées distinctes et des modèles de flux de gènes entre les populations. Les marqueurs microsatellites et minisatellites chloroplastiques se sont avérés utiles pour fournir des informations détaillées sur les relations phylogéographiques à différentes échelles géographiques. Type de publication : périodique Référence biblio : Cozzolino S., Cafasso D., Pellegrino G., Musacchio A., Widmer A., 2003 - Fine-scale phylogeographical analysis of Mediterranean Anacamptis palustris (Orchidaceae) populations based on chloroplast minisatellite and microsatellite variation. Molecular Ecology, 12 (10) : 2783-92. ID PMB : 72303 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72303 [article]

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Phylogeny and Biogeography of Ivies (Hedera spp., Araliaceae), a Polyploid Complex of Woody Vines / Adam Green in Systematic Botany, vol. 36, n°4 (Année 2011)

Public [article]  inSystematic Botany > vol. 36, n°4 (Année 2011) . - pp. 1114-1127 Titre : Phylogeny and Biogeography of Ivies (Hedera spp., Araliaceae), a Polyploid Complex of Woody Vines Auteurs : Adam Green, Auteur ; Tara Ramsey, Auteur ; Justin Ramsey, Auteur Année de publication : 2011 Article en page(s) : pp. 1114-1127 Note générale : "Ivy (Hedera spp., Araliaceae) is a polyploid complex of woody vines. Native to Eurasia and northern Africa, ivy is cultivated worldwide and has become an aggressive invader of North American forests. Despite its ecological impacts and economic significance to the horticultural industry, the taxonomy of Hedera is controversial and historical relationships are poorly defined. Here we characterize the phylogeny of Hedera based on the low-copy nuclear locus Granule-bound starch synthase I (GBSSI) and twelve non-coding cpDNA regions. Maximum parsimony and Bayesian analyses of both data sets identified Hedera as monophyletic. For GBSSI, we isolated eighteen haplotypes that were widely shared across species. There was no evidence of fixed heterozygosity or haplotype additivity in polyploids, suggesting possible autopolyploid origins. For cpDNA, we isolated sixteen haplotypes that were highly structured by geography. Haplotype diversity and phylogenetic structure were greatest in northern Africa and southern Europe. Thus, while most members of the Araliaceae reside in tropical and subtropical Asia, the early diversification of Hedera probably occurred in the Mediterranean Basin. Geographically-structured clades included diploid and polyploid species, suggesting that genome duplication has occurred repeatedly in the genus. Closely-related ivies often differed in leaf size and trichome morphology, indicating evolutionary lability of traits traditionally used for classification. Nonetheless, we recovered similar or identical DNA sequences within morphologically-defined species. Notable exceptions included southern populations of H. helix (H. helix subsp. caucasigena and H. helix subsp. rhizomatifera) that had cpDNA haplotypes distinct from those of central and northern Europe (H. helix subsp. helix)." (source : auteurs) Langues : Anglais (eng) Catégories : [Espèces (in biblio)] Hedera Mots-clés : phylogénie  phylogéographie Résumé : Le lierre (Hedera spp., Araliaceae) est un complexe polyploïde de vignes ligneuses. Originaire d'Eurasie et d'Afrique du Nord, le lierre est cultivé dans le monde entier et est devenu un envahisseur agressif des forêts d'Amérique du Nord. Malgré ses impacts écologiques et son importance économique pour l'industrie horticole, la taxonomie d'Hedera est controversée et les relations historiques sont mal définies. Nous caractérisons ici la phylogénie d'Hedera en nous basant sur le locus nucléaire à faible copie Granule-bound starch synthase I (GBSSI) et douze régions d'ADNcp non codantes. Les analyses de parcimonie maximale et bayésiennes des deux ensembles de données ont identifié Hedera comme monophylétique. Pour GBSSI, nous avons isolé dix-huit haplotypes qui étaient largement partagés entre les espèces. Il n'y avait aucune preuve d'hétérozygotie fixe ou d'additivité d'haplotypes chez les polyploïdes, ce qui suggère de possibles origines autopolyploïdes. Pour l'ADNcp, nous avons isolé seize haplotypes qui étaient hautement structurés par la géographie. La diversité des haplotypes et la structure phylogénétique étaient les plus importantes en Afrique du Nord et en Europe du Sud. Ainsi, alors que la plupart des membres des Araliaceae résident en Asie tropicale et subtropicale, la diversification précoce des Hedera a probablement eu lieu dans le bassin méditerranéen. Les clades géographiquement structurés incluaient des espèces diploïdes et polyploïdes, ce qui suggère que la duplication du génome s'est produite à plusieurs reprises dans le genre. Les lierres étroitement apparentés différaient souvent par la taille des feuilles et la morphologie des trichomes, ce qui indique une labilité évolutive des caractères traditionnellement utilisés pour la classification. Néanmoins, nous avons récupéré des séquences d'ADN similaires ou identiques au sein d'espèces morphologiquement définies. Les exceptions notables comprenaient les populations méridionales de H. helix ( H. helix subsp. caucasigena et H. helix subsp. rhizomatifera ) qui avaient des haplotypes cpADN distincts de ceux d'Europe centrale et du Nord ( H. helix subsp. helix ). Type de publication : périodique Référence biblio : Green A., Ramsey T., Ramsey J., 2011 - Phylogeny and Biogeography of Ivies (Hedera spp., Araliaceae), a Polyploid Complex of Woody Vines. Systematic Botany, 36 (4) : 1114-1127. ID PMB : 67294 DOI : 10.1600/036364411X605100 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=67294 [article]

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