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Titre : « Les plantes sont immobiles et attendent qu’on vienne les compter » : confronter mesures in situ et simulations numériques pour améliorer les méthodes de suivi des populations de plantes Type de document : texte imprimé Auteurs : Jan Perret, Auteur ; Université de Montpellier (Montpellier), Organisme de soutenance Année de publication : 2023 Importance : 180 p. + annexes Langues : Français (fre) Catégories : [Thèmes] Biodiversité
[Thèmes] Biologie de la conservation
[Thèmes] BotaniqueMots-clés : dynamique des populations méthode d'échantillonnage évaluation de la biodiversité, Résumé : "Les suivis de population jouent un rôle central dans la conservation de la biodiversité. Ils permettent d’estimer les tailles et les tendances des populations, deux informations cruciales pour identifier les populations menacées d’extinction, comprendre les causes de leur déclin, puis tester et valider des moyens pour enrayer ce phénomène. Cependant, l’efficacité des suivis est controversée, notamment car ils souffrent de problèmes méthodologiques récurrents qui peuvent les empêcher de fournir des estimations précises et non-biaisées des tailles et des tendances de population. Cela semble être particulièrement le cas pour les suivis de populations de plantes, notamment car la prise en compte des erreurs d’observation, l’une des principales sources d’erreurs des suivis de population, semble très rare. En outre, réduire l’incertitude des estimations et s’assurer qu’elles ne sont pas biaisées permet de réduire le risque de commettre des erreurs de décision, qui peuvent avoir pour conséquence la mise en œuvre de mesures de conservation inefficaces voire néfastes. L’objectif général de mon doctorat était d’améliorer les méthodes de suivi des populations de plantes afin qu’elles puissent fournir des estimations non biaisées et plus précises des tailles et des tendances de population. Pour cela, je me suis intéressé aux deux principaux problèmes méthodologiques des suivis de population : d’une part les plans d’échantillonnage, et d’autre part les erreurs d’observation, et plus spécifiquement la détection imparfaite. Mes travaux se sont déroulés selon trois axes.Le premier axe a consisté à réaliser une synthèse de la littérature sur les méthodes de suivi des populations de plantes. J’ai structuré cette synthèse selon les deux principaux défis des suivis de population, c’est-à-dire l’échantillonnage et la prise en compte des erreurs d’observation, et selon les deux échelles où les suivis peuvent être réalisés, c’est-à-dire au niveau de la population dans son ensemble ou au niveau des individus qui la constituent. Grâce à ce travail de synthèse, j’ai pu identifier les sujets de recherche méthodologique prioritaires pour améliorer les suivis, et mettre en lumière les différences entre les lacunes de développement méthodologique et les manques de mise en œuvre de méthodes déjà existantes. Dans le deuxième axe, j’ai utilisé des simulations numériques pour comparer la précision des estimations de taille de population obtenues avec trois méthodes d’échantillonnage différentes pour des populations dont les individus étaient plus ou moins spatialement agrégées. L’agrégation spatiale est une caractéristique courante des populations de plantes, et cela rend les estimations de taille de population moins précises par rapport à des populations spatialement homogènes. Les simulations m’ont permis de mettre en évidence d’importantes différences de précision entre les méthodes d’échantillonnage, et ainsi de proposer une méthode pour améliorer la précision des estimations en adaptant le plan d’échantillonnage au niveau d’agrégation de la population étudiée.L’objectif du troisième axe était de vérifier que la détection des individus était imparfaite dans le cadre de comptages d’individus non marqués, ce qui n’avait pas encore été montré formellement. Pour cela, j’ai réalisé une expérimentation au cours de laquelle un grand nombre d’observateurs ont compté des individus de plantes de différentes espèces dans différents habitats et avec plusieurs méthodes de comptage. Les résultats ont montré que la détection des individus était effectivement imparfaite, ainsi que de décrire l’effet des principales variables écologiques et observationnelles sur la probabilité de détection des individus. En outre cela a permis de donner des recommandations pour réduire la variabilité des comptages en adaptant la méthode d'observation aux conditions de l’étude." (source : auteurs) Type de publication : thèse, mémoire, stage Référence biblio : Perret J., 2023 - « Les plantes sont immobiles et attendent qu’on vienne les compter » : confronter mesures in situ et simulations numériques pour améliorer les méthodes de suivi des populations de plantes. Thèse : Biologie des Populations et Écologie. Montpellier : Université de Montpellier, 180 p. + annexes. ID PMB : 72083 En ligne : https://ged.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2023UMONG009 Format de la ressource électronique : document Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72083 Exemplaires(1)
Cote Localisation Disponibilité GC1 5 PERR Brest Exclu du prêt
Titre : Contribution au renforcement des méthodes de suivi mises en œuvre afin d’étudier la dynamique d’espèces gravement menacées sur le territoire picard Type de document : texte imprimé Auteurs : Antoine Hébert, Auteur ; Conservatoire botanique national de Baileuil (Rouen), Année de publication : 2017 Importance : 52 p. + annexes Langues : Français (fre) Catégories : [Thèmes] Flore vasculaire (phanérogames et cryptogames vasculaires)
[Thèmes] Outils et méthodes
[Thèmes] Plante à forte valeur patrimoniale
[Thèmes] Végétation
[ZG] HAUTS-DE-FRANCEMots-clés : population méthode d'échantillonnage phytosociologie Résumé : "Dans le cadre de sa mission d’apport de connaissance sur le patrimoine floristique de son territoire d’agrément, le Conservatoire botanique national de Bailleul (CBNBL) assure le suivi annuel des populations d’espèces protégées au titre de la Directive Habitats Faune Flore présentes dans les départements de la Somme, l’Aisne et l’Oise. La mission principale confiée par l’antenne Picardie du CBNBL consiste ici à élaborer des méthodes d’échantillonnage capables d’estimer la taille de populations d’espèces à forte responsabilité dont le dénombrement des individus reste impraticable, et ce avec une marge d’erreur jugée satisfaisante. Un autre axe de cette mission a pour objectif de mettre en relation l’historique des effectifs observés de ces populations d’espèces protégées avec les végétations dont elles dépendent. Dans le respect de contraintes de temps et de moyens humains imposées aux suivis d'espèces gravement menacées sur le territoire picard par le CBNBL, deux protocoles ont pu être formalisés.
Le premier permet une estimation annuelle de la population totale à l’échelle d’une zone de prospection donnée, mis à l’épreuve pour l’Anémone sauvage. Après délimitation des aires de présence de l'espèce, n cellules d’une grille de pas fixe intersectée avec ces aires sont échantillonnées selon un tirage aléatoire simple sans remise. Un comptage des individus contenus dans ces cellules permet d’estimer le nombre total d’individus de l’espèce. Le second protocole permet de suivre la dynamique des végétations associées à l'occurrence d'une espèce protégée par la Directive Habitats Faune Flore, mis à l’épreuve pour le Liparis de Loesel et l’Ache rampante. La stratification d’une grille selon l’historique de présence de l’espèce suivi est effectuée. Les différents foyers de populations à l'échelle d'une zone de prospection mis en évidence, le suivi de placettes permanentes localisées dans ces foyers permet d’illustrer la dynamique des végétations, avec pour état de référence l’année 2017. A terme, une mise en application ou un réajustement des stratégies testées est à considérer pour être retenues par le CBNBL, dans le cadre du plan de suivi de cette flore protégée à l’échelle du territoire picard." (source : auteurs)Type de publication : thèse, mémoire, stage Référence biblio : Hébert A., 2017 - Contribution au renforcement des méthodes de suivi mises en œuvre afin d’étudier la dynamique d’espèces gravement menacées sur le territoire picard. Rapport de stage de Master 2 : Sciences des Environnements Continentaux et Côtiers (Environnement, Sols, Eaux et Gestion de la Biodiversité). Rouen : Conservatoire botanique national de Baileuil. 52 p. + annexes. ID PMB : 72095 En ligne : https://digitale.cbnbl.org/documents/CRP1164.pdf Format de la ressource électronique : document Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72095 Exemplaires(0)
Disponibilité aucun exemplaire Sorting plots not taxa for studying vegetation structure and plant species richness / Elgene Owen Box in Plant Biosystems, vol. 145, suppl. 1 (Année 2011)
Titre : Sorting plots not taxa for studying vegetation structure and plant species richness Auteurs : Elgene Owen Box, Auteur ; K. Fujiwara, Auteur Année de publication : 2011 Article en page(s) : pp. 46-53 Langues : Anglais (eng) Catégories : [ZG] Amérique du nord Mots-clés : méthode d'échantillonnage strate herbacée Braun-Blanquet relevé de végétation richesse floristique facteur abiotique Résumé : « La plupart des méthodes d'échantillonnage ne stratifient pas la végétation et ne fournissent donc pas d'informations sur la couche herbacée, où la richesse en espèces des peuplements végétaux entiers peut être largement contrôlée. Les relevés de Braun-Blanquet fournissent de telles données, et une grande base de relevés pour l'est de l'Amérique du Nord a été utilisée pour tenter d'identifier les facteurs liés à la richesse en espèces. L'analyse statistique a montré qu'il y avait peu de relation entre la richesse des espèces à l'échelle de la parcelle et les facteurs environnementaux mesurables, y compris le climat, mais que la richesse de la couche herbacée semblait liée aux propriétés physiques du site. Les inventaires de végétation géographiquement étendus peuvent donc peut-être être utilisés pour étudier la richesse en espèces à l'échelle de la parcelle, si le travail sur le terrain comprend une description adéquate de la topographie du site et des propriétés du substrat. Les relevés peuvent alors être triés, sur la base de ces propriétés physiques, afin d'identifier les situations d'habitat qui peuvent être liées à la richesse des espèces plus étroitement que ne le sont les conditions environnementales plus générales. La mesure dans laquelle les groupements de parcelles qui en résultent présentent une structure de végétation et une richesse en espèces relativement cohérentes peut donner un aperçu de leurs contrôles. » (traduit avec deepl.com)
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"Most sampling methodologies do not stratify the vegetation and thus provide no information on the herb layer, where the species richness of whole vegetation stands may be largely controlled. Braun-Blanquet releves do provide such data, and a large releve ́ database for eastern North America was used to try to identify factors related to species richness. Statistical analysis showed little relationship between plot-scale species richness and measurable environmental factors, including climate, but herb layer richness did seem to be related to site physical properties. Geographically extensive vegetation inventories can thus perhaps be used to study plot-scale species richness, if the fieldwork includes adequate description of site topography and substrate properties. Releve ́s can then be sorted, based on these physical properties, in order to identify habitat situations that may be related to species richness more closely than are more general environmental conditions. The extent to which the resulting plot groupings show relatively consistent vegetation structure and species richness may provide insight into their controls." (source : auteurs)Type de publication : périodique Référence biblio : Box E., Fujiwara K., 2011 - Sorting plots not taxa for studying vegetation structure and plant species richness. Plant Biosystems, 145 (1) : 46-53. ID PMB : 50393 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=50393
in Plant Biosystems > vol. 145, suppl. 1 (Année 2011) . - pp. 46-53[article]Exemplaires(2)
Cote Localisation Disponibilité VH0 2 BIO Brest Exclu du prêt VH0 2 BIO Caen Exclu du prêt
Titre : On the use of parataxonomy in biodiversity monitoring : A case study on wild flora Auteurs : Jean-Claude Abadie, Auteur ; Camila Andrade, Auteur ; Nathalie Machon, Auteur ; Emmanuelle Porcher, Auteur Année de publication : 2008 Article en page(s) : pp. 3485-3500 Langues : Anglais (eng) Catégories : [Thèmes] Inventaire floristique Mots-clés : parataxonomie morphotype science participative méthode d'échantillonnage Résumé : "Monitoring programs that assess species-richness and turnover are now regarded as essential to document biodiversity loss worldwide. Implementation of such programs is impeded by a general decrease in the number of skilled naturalists. Here we studied how morphotypes, instead of species, might be used by unskilled participants (referred to as “volunteers”) to survey common plant communities. Our main questions were: (1) Can morphotypes be used as a robust estimator of species-richness (α-diversity) and assemblage turnover (β-diversity)? and (2) What is the robustness (reproducibility and repeatability) of such methods? Double inventories were performed on 150 plots in arable field margins, one by a non-expert using morphotypes, the other by a taxonomist using species. To test the robustness of morphotype identification among participants, 20 additional plots were surveyed by eight volunteers using the same protocol. We showed that (1) the number of morphotypes identified by unskilled volunteers in a plot was always strongly correlated with species-richness. (2) Morphotypes were sensitive to differences among habitats but were less accurate than species to detect these differences. (3) Morphotype identification varied significantly within and between volunteers. Due to this lack of repeatability and reproducibility, parataxonomy cannot be considered a good surrogate for taxonomy. Nevertheless, assuming that morphotypes are identified with standardized methods, and that results are used only to evaluate gross species-richness but not species turnover, parataxonomy might be a valuable tool for rapid biodiversity assessment of common wild flora." (source : auteurs) Note de contenu : Cette article explique l'importance de programmes de suivi de la biodiversité et propose une approche potentiellement utile pour les effectuer malgré la pénurie de taxonomistes qualifiés, tout en soulignant les défis et les limitations de cette approche. Type de publication : périodique Référence biblio : Abadie J.-C., Andrade C., Machon N., Porcher E., 2008 - On the use of parataxonomy in biodiversity monitoring : A case study on wild flora. Biodiversity and Conservation, 17 (4) : 3485-3500. ID PMB : 72275 Permalink : http://www.cbnbrest.fr/catalogue_en_ligne/index.php?lvl=notice_display&id=72275
in Biodiversity and Conservation > vol. 17, n°4 (Année 2008) . - pp. 3485-3500[article]Exemplaires(0)
Disponibilité aucun exemplaire
