L'annexe 1 regroupe des espèces relevant de l'article 1er de l'arrêté qui stipule que : « Afin de prévenir la disparition d'espèces végétales menacées et de permettre la conservation des biotopes correspondants, sont interdits, en tous temps et sur tout le territoire métropolitain, la destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement, le colportage, l'utilisation, la mise en vente, la vente ou l'achat de tout ou partie des spécimens sauvages des espèces citées à l'annexe 1 du présent arrêté. Toutefois, les interdictions de destruction, de coupe, de mutilation et d'arrachage, ne sont pas applicables aux opérations d'exploitation courante des fonds ruraux sur les parcelles habituellement cultivées. »
Les seules autorisations de prélèvement pouvant être accordées pour ces espèces le sont à des fins exclusivement scientifiques, en application de l'arrêté du 11 septembre 1979 (J.O. du 25 septembre 1979).

L'annexe 2 regroupe des espèces pour lesquelles la seule interdiction porte sur la destruction, d'autres activités, ramassage, récolte, utilisation, transport, cession à titre gratuit ou onéreux étant soumises à l'autorisation du Ministre chargé de la protection de la nature. Sur environ 450 espèces visées par la liste de protection nationale, 60 sont présentes (ou ont été plus ou moins récemment signalées) en région Pays de la Loire. Sur ce total, la plupart, soit 53 espèces, figurent à l’annexe 1 de l’arrêté ministériel et jouissent d’une protection intégrale. 7 figurent à l’annexe 2, ne bénéficiant que d’une protection partielle et sont susceptibles de faire l’objet d’une autorisation de destruction. Il s’agit de l’asphodèle d’Arrondeau (Asphodelus arrondeaui), du rossolis intermédiaire (Drosera intermedia), du rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), de l’euphorbe péplis (Euphorbia peplis), de la gratiole officinale (Gratiola officinalis), de la pivoine mâle (Paeonia mascula subsp. mascula) et de la rose de France (Rosa gallica).

Orpin d'Angers (Sedum andegavense (DC.) plante protégée au niveau national. (Photo : Pascal Lacroix-CBNB),

Angelica heterocarpa Lloyd (angélique des estuaires) Apium repens (Jacq.) Lag. (ache rampante ) Asphodelus arrondeaui Lloyd (Baton blanc d'Arrondeau ) Carex limosa L. (laîche des tourbières ) Cistus psilosepalus Sweet (Ciste hérissé ) Crambe maritima L. (chou marin ) Daboecia cantabrica (Hudson) C. Koch (bruyère de Saint-Daboec ) Damasonium alisma Miller (étoile d’eau ) Daucus carota L. subsp. gadecaei (Rouy & Camus) Heywood (carotte de Gadeceau ) Dianthus gallicus Pers. (Oeillet de France ) Drosera intermedia Hayne (Rossolis intermédiaire ) Drosera rotundifolia L. (Rossolis à feuilles rondes ) Dryopteris aemula (Aiton) O. Kuntze (Dryoptéris atlantique ) Eriophorum gracile Koch ex Roth (Linaigrette grêle ) Euphorbia peplis L. (euphorbe péplis ) Gagea arvensis (Pers.) Dumort (gagée des champs ) Gagea bohemica (Zauschner) Schultes & Schultes fil. subsp. gallica (Gagée de Bohême ) Gagea pratensis (Pers.) Dumort (gagée des prés ) Gentianella amarella (L.) Börner (Gentianelle amère ) Gratiola officinalis L. (Gratiole officinale ) Hammarbya paludosa (L.) O. Kuntze (malaxis des tourbières ) Isoetes echinospora Durieu (Isoète à spores épineuses ) Isoetes histrix Bory (Isoète épineux ) Kickxia commutata (Berhn. ex Reichenb.) Fritsch subsp. commutata (Linaire grecque ) Leucojum aestivum L. subsp. aestivum (nivéole d'été ) Leymus arenarius (L.) Hochst. (Seigle de mer ) Lindernia procumbens (Krocker) Philcox (Lindernie couchée ) Liparis loeselii (L.) L.C.M. Richard (Liparis de Loesel ) Littorella uniflora (L.) Ascherson (Littorelle à une fleur ) Lobelia dortmanna L. (Lobélie de Dortmann ) Luronium natans (L.) Rafin. (flûteau nageant ) Lycopodiella inundata (L.) Holub (Lycopode inondé ) Lythrum tribacteatum Salzm. ex Sprengel (Salicaire à trois bractées ) Marsilea quadrifolia L. (Fougère d'eau à quatre feuilles ) Odontites jaubertiana (Boreau) subsp. jaubertiana (euphraise de Jaubert ) Odontites jaubertiana (Boreau) subsp. chrysantha (Bor.) P. Fournier (euphraise de Jaubert ) Oenanthe foucaudii Tesseron (Oenanthe de Foucaud ) Omphalodes littoralis Lehm. (Cynoglosse des dunes ) Ophioglossum azoricum C. Presl. (Ophioglosse des Açores ) Orchis coriophora subsp. coriophora L. (Orchis punaise ) Orchis coriophora subsp. fragrans (Pollini) K. Richter (Orchis parfumé ) Paeonia mascula (L.) Miller subsp. mascula (Pivoine mâle ) Pilularia globulifera L. (Pilulaire à globules ) Pulicaria vulgaris Gaertn. (Herbe de Saint-Roch ) Ranunculus lingua L. (Grande douve ) Ranunculus nodiflorus L. (Renoncule à fleurs en boules ) Ranunculus ophioglosssifolius Vill. (Renoncule à feuilles d'Ophioglosse ) Rosa gallica L. (Rose de France ) Rumex rupestris Le Gall (Oseille des rochers ) Sedum andegavense (DC.) Desv. (Orpin d'Angers ) Serapias parviflora Parl. (sérapias à petites fleurs ) Sisymbrium supinum L. (sisymbre couché ) Spiranthes aestivalis (Poiret) L. C. M. Richard (Spiranthe d'été ) Thorella verticillatinundata (Thore.) Briq. (Thorella ) Tulipa sylvestris L. subsp. sylvestris (Tulipe sauvage )