Cette directive de la Commission européenne du 21 mai 1992, inspirée de la convention de Berne, vise à favoriser la biodiversité en Europe par le maintien dans un état de conservation favorable, voire la restauration, des habitats naturels et des habitats d'espèces de faune et de flore sauvage d'intérêt communautaire, en tenant compte des exigences économiques, sociales et culturelles ainsi que des particularités régionales et locales.

Les types d'habitats naturels et les espèces d'intérêt communautaire dont la conservation nécessite la désignation de « zones spéciales de conservation » (Z.S.C.) sont recensés respectivement dans les annexes 1 et 2 de la Directive avec mention d’habitats et d’espèces prioritaires. L'annexe 4 établit la liste des espèces animales et végétales qui nécessitent une protection stricte. L'annexe 5 présente les espèces dont le prélèvement ou l'exploitation peuvent nécessiter des mesures de gestion.

La Directive Habitats-Faune-Flore reprend une grande partie des espèces qui avaient été mentionnées à l’annexe 1 de la convention de Berne, à l’exception de la zostère marine (Zostera marina) et de la mâcre (Trapa natans). Sur les 483 espèces végétales inscrites à l’annexe 2 de la Directive Habiat-Faune-Floer, 57 sont présentes en France et 11 sont connues ou ont été signalées autrefous aux régions des Pays de la Loire :

• angélique des estuaires (Angelica heterocarpa),
• ache rampante (Apium repens),
• coléanthe subtile (Coleanthus subtilis),
• liparis de Loesel (Liparis loeselii),
• flûteau nageant (Luronium natans),
• fougère d’eau à quatre feuilles (Marsilea quadrifolia),
• cynoglosse des dunes (Omphalodes littoralis),
• oseille des rochers (Rumex rupestris),
• sisymbre couché (Sisymbrium supinum),
• faux caropsis de Thore (Thorella verticillatinundata),
• trichomanès remarquable (Trichomanes speciosum).

L’angélique des estuaires et le cynoglosse des dunes sont en outre considérées par la Directive Habitats-Faune-Flore comme prioritaires. Ces 11 espèces sont reprises par l’annexe 4 de la Directive, qui s’étend à la lindernie couchée (Lindernia procumbens) et au spiranthe d’été (Spiranthes aestivalis). Toutes ces espèces sont été intégrées à la liste de protection nationale.

Certaines plantes figurant à l’annexe 5 de la directive recoupent la liste de protection régionale des Pays de la Loire : il s’agit du genre Lycopodium spp. (le lycopode en massue (Lycopodium clavatum) figure sur la liste régionale) et de la trompette de méduse (Narcissus bulbocodium). On y trouve également le perce-neige (Galanthus nivalis) et le fragon petit-houx (Ruscus aculeatus). Ceux-ci ne sont pas protégés, mais le perce-neige bénéficie d’une réglementation préfectorale de cueillette en Loire-Atlantique, Mayenne et Vendée. La Directive Habitats-Faune-Flore fixe l’objectif de la constitution d’un réseau européen de sites appelé Natura 2000. A partir des inventaires régionaux du patrimoine naturel, la France a proposé à l’Europe, en concertation avec les acteurs locaux, des sites d’importance communautaire justifiés par la présence d’habitats et d’espèces inscrits à la Directive. Les plans de gestion de ces sites (les « documents d’objectifs ») sont en cours de rédaction par des opérateurs locaux désignés par l’Etat. Ils font des propositions d’action concertées sur la base d’un diagnostic et d’une cartographie des habitats et des habitats d’espèces relevant de la Directive Habitats, dans l’esprit de faire cohabiter activités humaines et conservation de la nature.

Cynoglosse des dunes (Omphalodes littoralis Lehm.) plante d'intérêt communautaire. (Photo : Jean Le Bail-CBNB)

Listes des plantes de la Directive Habitat-Faune-Flore

Angelica heterocarpa Lloyd (angélique des estuaires) Apium repens (Jacq.) Lag. (ache rampante) Lindernia procumbens (Krocker) Philcox (Lindernie couchée) Luronium natans (L.) Rafin. (flûteau nageant) Lycopodiella inundata (L.) Holub (Lycopode inondé) Omphalodes littoralis Lehm. (Cynoglosse des dunes) Sisymbrium supinum L. (sisymbre couché) Spiranthes aestivalis (Poiret) L. C. M. Richard (Spiranthe d'été) Thorella verticillatinundata (Thore.) Briq. (Thorella)